Helt præcis hvornår Hammershus er blevet opført er endnu lidt uvist. Først antog man at Hammershus er blevet opført i år 1259 af ærkebispen af Lund (dengang dansk). Hammershus skulle bruges for at befæste den magt over øen som han havde fået efter aftale med kongen Svend Grathe.
Ud fra nogle udgravnings- og forskningsresultater fra år 2015, viser det sig at borgen først er blevet bygget senere end først antaget. Under udgravningen fandt man ud af, at det borgen blev bygget af en senere ærkebiskop af Lund, nemlig Jens Grand. Han var ærkebiskop fra 1289-1302. Hvilket må betyde at borgen først har stået klar i slutningen af 1200-tallet. I godt 500 år var Hammershus fæstning for de mange skiftende magthavere på Bornholm. Dette medførte at Hammershus utallige gange er blevet ombygget. I år 1743 opgav magthaverne endeligt Hammershus og bornholmerne kunne frit hente sten på stedet. Først i år 1822 blev ruinen fredet efter mange års forfald. Sidenhen har man igennem flere store renoveringer forsøgt at bevare og stabilisere den nuværende ruin. Kun med henblik på at bevare den tilbageværende ruin og ikke for at genopbygge Hammershus.